Toronto wird vom Humber River am westlichen Rand, vom Don River östlich der Downtown auf der gegenüberliegenden Seite des Hafens und von zahlreichen Nebenflüssen durchflossen. Der Naturhafen hat sich durch Sedimentation herausgebildet, die auch die Toronto Islands entstehen ließ. Die Vielzahl von Bächen und Flüssen, die von Norden her durch das Gebiet fließen und in den Ontariosee münden, haben zahlreiche bewaldete Schluchten geschaffen. Diese Schluchten beeinflussen die Stadtplanung derart, dass manche Verkehrsstraßen wie die Finch Avenue, die Leslie Street, die Lawrence Avenue und die St. Clair Avenue auf der einen Seite der Schlucht enden und sich auf der anderen fortsetzen. Der fast 500 Meter lange Prince Edward Viaduct überspannt die vom Don River gebildete 40 Meter tiefe Schlucht.
Während der letzten Eiszeit lag der niedrigere Teil des Stadtgebietes unter dem Glacial Lake Iroquois, einem Eisstausee. Geländeabbrüche, die auf diese Zeit zurückgehen, sind von der östlich der Stadtmitte verlaufenden Victoria Park Avenue an der Mündung des Highland Creek zu erkennen. Die sogenannten Scarborough Bluffs sind schroffe Felsklippen bis zu einer Höhe von 65 Metern auf einer Länge von 14 Kilometern entlang der Uferlinie des Ontariosees. Toronto hat keine nennenswerten Erhebungen. Der niedrigste Punkt liegt am Ufer des Ontariosees auf 75 Meter über dem Meeresspiegel, der höchste auf 270 Meter nahe der York University im Norden der Stadt.
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